Решение о создании в составе МАФО таких структурных подразделений как кафедры было вызвано необходимостью конкретизировать работу членов академии, сделать ее эффективной. Кроме того, в условиях системной ликвидации таких традиционных подразделений в составе отечественных вузов, прекращается многовековая традиция и ликвидируется база для сохранения и развития отечественных научных школ. Поэтому создание кафедр как собственно при академии, так базовых кафедр на действующих предприятиях и организациях, должно стать своеобразными «точками роста» для восстановления и создания научных школ, которые должны быть востребованными в ближайшее время поскольку такая реорганизация развития науки и научных исследований и методических процессов, в той или иной мере будет трансформирована с использованием таких структур. Отсюда необходимо быть готовыми к такому развитию событий.
Формируются рассматриваемые кафедры, как подразделения МАФО, из опытных научных сотрудников и преподавателей, как действующих, так и находящихся на заслуженном отдыхе, добровольно, но и вынужденных покинуть работу в связи с реорганизациями системы образования. Опыт таких сотрудников неоценим и вполне может быть использован в научной и методических областях по направлениям, которыми занимаются в МАФО.
Кафедра МАФО – это не кафедра в общем понимании университетских образовательных кафедр, а научная и научно-методическая структура основной целью которой является создание научной школы по соответствующему направлению, основной задачей которой является развитие научного направления с учетом преемственности поколений.